总工程师办公室负责全院技术管理工作，主要职能包括：牵头制定全院科研发展规划、制修订科研管理制度、调度科研项目进度、开展技术成果审查、组织科技成果登记与报奖、推进对外技术交流合作、组织技术培训、管理技术资料存档、负责院数据库平台运行维护、开展科研人员考核、联络外聘专家团队、牵头技术保密工作、负责资质和科研平台维护、主导知识产权运作、开展科技情报搜集和科技信息更新、开展科普宣传等。总工程师办公室负责的科研平台包括：国家自然科学基金依托单位、山东省自然科学基金依托单位、院士专家基层服务站、济南市污水深度处理与生态修复工程实验室等。总工程师办公室同时作为院内新兴科研部门的孵化器，代管新型环境功能材料创新研发中心、新型有机污染物工作室和人工湿地工作室。
