水和生态研究所主要承担水功能区划、入河排污口、饮用水水源地调查技术工作；承担重点流域和区域水生态环境状况分析；承担流域和区域水生态环境保护政策研究；开展地下水环境状况调查评估，地下水环境分区管控及治污减排对策研究；承担区域生态环境保护中长期战略研究与规划编制工作。主要研究方向为流域生态环境保护、地下水污染防控和生态环境综合规划。
流域生态环境保护方向
定位：解决市级以上不同尺度区域水环境质量改善和水生态功能恢复中的重大科学问题，针对污染源和重要水体（含饮用水水源地）开展“控源与修复”、“保护与恢复”对策技术研究，搭建流域系统调控与管理平台，提炼形成可复制可推广的流域污染防治与生态保护模式。
主要工作内容：面向基础科研--开展污染源管控及治污减排对策、水体基础生态环境状况调查与评估、水生态修复技术研究、流域水环境模型模拟与承载力调控、水环境综合分析系统等方面研究。面向环境管理--主要承担区域或者流域水污染防治规划、水环境质量达标方案的编制与评估，流域水环境分区与水质目标管理以及中长期水环境保护战略。
地下水污染防控方向
定位：紧紧围绕地下水“双源”管控及“体系”构建两个重点，建成省内一流、具备地下水调查-评估-修复全体系能力的地下水专业团队，成为上联国家政策、下接技术落地的重要技术枢纽。
主要工作内容：面向环境管理--承担各个区域尺度地下水环境状况调查评估工作；地下水环境分区与水质目标管理以及污染源管控及治污减排对策研究；地下水饮用水水源地环境保护对策研究。面向基础科研--开展地下水污染模拟、环境监测、分区防治、风险管控与环境修复等研究与技术支撑工作，地下水综合管理系统开发等方面研究。
生态环境综合规划方向
定位和主要工作内容：环境保护规划方向--主要承担区域态环境保护中长期战略研究与规划编制，开展环境保护相关规划中期评估和终期考核；环境形势分析与预测以及环境政策解读；区域多规合一、城市环境保护总体规划等领域规划的编制及研究工作。国土空间及生态专项规划方向--主要承担国土空间规划（生态保护红线）相关工作；生物多样性、环境与健康等领域调查评估及研究工作；生态补偿机制研究。在此基础上同时兼顾部门饮用水水源地日常环境管理服务工作以及其他方向部分空间分析工作。
主要项目：
济南市“十四五”生态环境保护规划
济南市环境总体规划暨三线一单编制
济南市黄河流域水环境改善总体方案编制-水生态环境保护“十四五”规划
济南市黄河风貌带规划-生态保护与修复专题
济南市生态保护红线优化
济南市农村集中式饮用水水源保护区调整
济南市典型岩溶区地下水污染防治分区划分
济南市城镇级及以上集中式地下水型饮用水水源地地下水环境状况调查评估
济南市化工集聚区地下水环境状况调查项目
山东省医疗污染物控制标准修订
山东省工业园区规划环评“三线一单”环境准入指南
“三线一单”在山东省战略（规划）环评中的应用研究
南部山区多规合一第二层次环境保护专项规划
集中式地表水饮用水水源地突发环境事件应急预案
大明湖生态修复及感官提升对策研究
小清河C段底泥重金属生态风险评估
基于无人机遥感和水下机器人探测的小清河污染源监控项目
莱钢焦化厂地下水污染防控方案